物流中心的两个关键指标是成本(Cost)和效率(efficiency)。
离开这两个指标去谈物流中心设计和优化，无异于舍本逐末。在大多数情况下，效率和成本是互相制约的。提高效率，降低成本，是物流系统设计与运营所追求的根本目标。
1、成本
物流成本主要包括两部分：建设成本(投资)和运营成本。
其中建设成本可细分为建筑成本、设备(包括软件系统)成本、建设期管理成本等，其中大部分可以通过折旧体现在运营成本之中，所以事实上就剩下一个运营成本。运营成本主要包括建筑和设备折旧(如果是租赁，就体现为租赁费)、电费、耗材、人员及管理成本、运输成本、税金等，也包括其他必须支出的成本，如损耗、财务成本等。从根本上讲，物流中心设计和研究的目标就是在满足不断增长的需求的前提下，如何控制成本。而表面上则体现为各种技术的研究和合理应用。
2、效率
对物流系统的要求，可以体现在6R之中，即在正确的时间，将正确的物品，按照正确的数量，以正确的状态，沿着正确的方向，准时送到正确的客户。这也是物流服务的关键评价指标。效率可以分为两个方面：其一是单位时间的作业能力，与成本有关。如果系统和人员确定，那么高效率就意味着成本降低;其二是服务水平的基本体现，主要是对时效的需求。这时，越高的要求往往意味着成本的上升。
困扰物流设计工程师的关键因素之一就是：当我们需要更高的效率时，往往需要付出更大的成本。比如采用更加自动化的装备，聘请更加专业的管理团队。通过专业的设计和培训，使效率的提升大于成本的增加，这就是我们追求的目标之一。
好的物流中心，其设计和系统选型必须是好的，这是基础。然而，运营管理却是更为重要的部分。这就好比一辆车，车好是基础，驾驶员的技术和日常保养却更为重要。很多企业不理解这一关系，因而做出了不对的判断。
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